Het belangrijkste doel van de Federale Synode van Protestantse en Evangelische Kerken in België is de aangesloten denominaties en de erkende organisaties te vertegenwoordigen, op grond van de geloofsbelijdenis van de World Evangelical Alliance.
Voor de verschillende sectoren waarin de overheden werken met de erkende erediensten, doet zij dit via de Administratieve Raad van de ProtestantsEvangelische Eredienst (ARPEE).
Voor andere maatschappelijke en levensbeschouwelijke aangelegenheden kan zij ook rechtstreeks als vertegenwoordigend orgaan optreden.
De kerkgemeenten die worden vertegenwoordigd door de Federale Synode van Protestantse en Evangelische Kerken in België zijn levende geloofsgemeenschappen die rondom het evangelie van Jezus Christus samenkomen, vooral op zondagochtend, maar ook in de loop van de week.
Deze kerkgemeenten functioneren zelfstandig, met een eigen predikant, oudstenraad en gemeentevergadering, maar ze zijn verenigd in ‘denominaties’ op grond van hun geschiedenis of op grond van hun theologische accenten, en die denominaties (op dit ogenblik negentien) zijn de eigenlijke leden van de Federale Synode. Er is inderdaad een behoorlijke diversiteit binnen de Federale Synode. Toch is er ook een wezenlijke eenheid. We zijn christenen (teruggaand op de boodschap van Jezus Christus), protestanten (onderstrepen het belang van de Bijbel en van persoonlijke verantwoordelijkheid) en evangelisch: we willen iedereen uitnodigen om Jezus Christus persoonlijk te ontmoeten. Hij is immers wel gestorven aan het kruis, maar ook opgestaan en wil ons een leven geven met God. God is immers geen gedachteconstructie van de mens, maar is reëel en wil ons leiden door heel ons leven heen. Dat is het oorspronkelijke evangelie en daar willen we ons telkens weer op baseren, zonder twintig eeuwen kerkgeschiedenis te ontkennen. Dat brengt ons er ook toe om in alle aspecten van ons leven het goede te zoeken voor onszelf en onze medemensen.
In totaal vertegenwoordigt de Federale Synode ongeveer 580 kerkgemeenten, allemaal terug te vinden in onze adressengids. Heel wat kerkgemeenten zijn ontstaan door migranten uit een welbepaald gebied en richten zich dus in het bijzonder op deze mensen, maar ondanks de culturele verschillen blijft de prediking van het evangelie gelijk. Er zijn grote en kleine kerkgemeenten: er wordt verschillend gedacht over de ideale grootte van een kerkgemeente (van huiskamer tot megakerk), maar telkens is iedereen welkom: alle leeftijden zijn vertegenwoordigd, meestal is er voor de jongsten een parallel programma en voor iedereen is er de ruimte om zijn of haar gaven in te zetten. Er zijn meningsverschillen binnen de Federale Synode, maar deze verschillen worden telkens besproken vanuit ons geloof in de levende God, Die Zich heeft geopenbaard in zijn Zoon Jezus Christus, in de Bijbel en Die ook vandaag nog tot ons wil spreken door zijn Heilige Geest.
Een andere vleugel van de protestants-evangelische eredienst wordt gevormd door de Verenigde Protestantse Kerk in België en de door haar vertegenwoordigde kerken. Deze twee vleugels vormen samen de Administratieve Raad van de Protestants-Evangelische Eredienst (ARPEE), die het geheel van de protestantsevangelische eredienst vertegenwoordigt bij de overheid.